在十七及十八世纪有关香港的记载，均没有提及香港有树林存在。大部份西方人士都描述当时香港岛是个贫脊及荒芜的地方。英国舰只Sulphur号上的外科医生Hinds于一八四一年随船到香港，期间采集了一百四十种物种的植物标本。这是香港植物采集史上的第一个正式的科学记录。
香港开埠最初的三十年间，很多着名的植物学家在港进行大规模的采集活动，同时亦发现了很多新的植物物种。可惜这些标本都被带离香港，直至一八七八年香港植物标本室成立后才有一个正式储存植物标本的地方。香港植物标本室是中国首个对公众开放的植物标本室，并已列入《国际标本馆名录》，其专用代号HK是国际通用的。
香港植物标本室成立于1878年，是现时香港最完善的一个植物标本室。这里共有约52,400个植物标本可供参考。馆藏标本主要是本土的维管束植物（蕨类、裸子植物及显花植物），亦有华南地区及东南亚国家的标本。
馆藏标本中有不少是在一百年前采集的，更有约三百个模式标本（模式标本是用作描述及发表新种的依据），使标本室在区域上显出其重要性。请参看模式标本，浏览更多详细资料。
标本是以科归类，蕨类植物采用了1978年的秦仁昌系统，裸子植物采用Kubitzki (1990) 系统，显花植物则采用Cronquist (1988) 系统。
植物标本均被压干，并在摄氏零下30度处理72小时，然后再经钉装及鉴定，才存放在钢柜内。而标本室是24小时温度及湿度调节的。
标本室附设有专科图书馆，除了藉以加强植物标本室的功能外，更开放让公众人士参考各种与植物分类相关的文献及书籍。当中不少为经典性参考书籍，包括：
藏书中也有关于香港邻近地区的植物志，包括：
香港植物标本室为植物学者进行研究的地方。它所藏的标本、采集记录及植物学文献为研究有关香港及华南的植物学者提供上佳的研究资料。
标本室藉着「国际性种子交换计划」与世界各地二百多个标本室和植物研究机构保持联系，当中包括着名的英国邱园皇家植物园及美国的密苏里植物园。
这些机构提供其本土植物种子给计划内的机构，以作各种繁殖、植物护理及研究计划之用。
